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细菌宏基因组解决方案

发布时间:2015-03-25   点击次数:1150次

针对30个小鼠肠道菌群和炎症性肠病的关联性研究,我们采用目前zui常用的宏基因组数据分析流程。【图1】




首先,去除原始数据中的低质量的测序片段,以及可能来自于小鼠的片段,获得高质量的小鼠肠道菌群序列。将高质量序列比对到NCBI的2,382个微生



1 宏基因组分析流程


物的无冗余混合基因组上,对比对上的测序片段进行统计,获得不同物种的比对丰度。大约有30%左右的测序片段可以比对到NCBI标准参考基因组上而大约70%的片段可能来自于未知的物种,或者是微生物基因组的未知区域。其次,

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