小鼠的品种和品系很多，是实验动物中培育品系zui多的动物。世界上常用的近交品系小鼠约有250多个，均具有不同特征。突变品系小鼠约有350多个。
1.以色而论，有白色、灰色、棕色、黄色、黑色等。如野生毛色小鼠有C3H、CBA/N等;黑色小鼠有C57BL/6、C57BL/10、C58品系等;灰色小鼠有C57L、DBA/2品系等;白色小鼠有A、AKR、BALB/c、RF、SWR等品系。
2.以肿瘤研究需要培育的品系很多，有自发瘤品系，如高癌株的C3/H/HCN、A系，津白Ⅱ号等;低癌株的C57BL/6N、C58、津白Ⅰ号等。诱发瘤品系，如乳腺癌小鼠:C3H、A品系等;胸腺癌小鼠:DBA(♀)、R111、BALB/C、C57BR等品系;肺癌小鼠:A、SWR、BALB/C、C57BL等品系;肝癌小鼠:C3H、C3He、C3Hf等品系;白血病小鼠:AKR、C58、C57BL等品系小鼠;卵巢癌小鼠C3H等品系。
3.为研究各种人类疾病需要培育的品系也很多，如研究心血管疾病的小鼠:DBA等品系;自家免疫性疾病小鼠:NZB/N、NZB×NZW等品系;脑积水病小鼠:C57BL/KaLwN、B10、D2/nSnN等品系;肾盂积水小鼠:C57L/N、STR/N等品系;白内障小鼠L:STAR/N等品系;多尿症小鼠:STR/N、STR/lN等品系;肾脏病A/HeN等品系;腭裂小鼠:A/HeN(自发)、C57BL/6N(诱发)等品系;放射病C57BR/CdJN(有抗力)、BALB/CAnN、LACA(敏感)等品系;毒浆原虫病小鼠:BALB/CAnN等品系;疟疾小鼠:C58/LWN、DBA/1JN(对疟原虫感染有抗力)、C57L/N(疟原虫易感)等品系。
4.为供药物和代谢等研究需要培育的品系有:矿物油过敏小鼠:BALB/CAnN等品系;免疫球蛋白缺乏小鼠:CBA/N等品系;胰岛素敏感小鼠:C57BR/CdJN等品系;类固醇代谢障碍小鼠:C57BL/10scN;维生素K缺乏小鼠: CBA/CaHN等品系;镇静剂实验小鼠:SJL、NZW等品系。
在微生物和各种实验研究中，以小白鼠zui为普遍，有英国种、法国种、德国种和瑞士种等，而以瑞士种zui着名。目前我国各生物制品、医学研究单位繁育的小白鼠为昆明小鼠，该品系为封闭种群，zui早在抗日战争时期从缅甸而来，在云南昆明繁殖，经过多年培育繁殖而成，该品系小鼠体型较大，繁殖力强。
昆明小鼠简称
KM小鼠，是我国生产量、使用量zui大的远交群小鼠，来源于swiss小鼠。它基因库大，基因杂合率高，我国学者已从
KM小鼠远交群中先后培育出不少近交系小鼠。经50多年的选育，现在
KM小鼠肿瘤自发率极低。不同地饲养的昆明小鼠封闭群的生长发育与繁殖性能存在一定差异。但其共同特点是抗病力和适应力很强，繁殖率和成活率高。它在我国生物医学动物实验中约为小鼠总用量的70%。
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