1、批间差异。

　　血清是一种成分复杂而且不确定的混合物，不同来源的血清成分存在很大的差异，因此支持细胞生长的效果也有较大差别。而每批血清的批量是有限的，所以换血清批号时要预先做大量的筛选实验，以确定对细胞生长影响小的血清。不但增加工作量,而且如果因为一时筛选不出合适的血清还会导致生产停滞。

　　2、动物来源成分。

　　因为来源于动物,所以有可能携带传染源,包括病毒和有毒物质,任何一种传染源都有可能对正在生长的细胞系或者制品带来风险；不同来源的血清存在某些特异性病毒抗体（比如：乙脑抗体、牛腹泻性病毒抗体等），直接影响接毒后病毒的复制，可能导致不产毒或毒价偏低，从而给疫苗生产造成巨大损失。

　　3、血清蛋白引起的疫苗纯化问题

　　由于血清含有大量的不同分子量的未知蛋白和多肽类物质，势必会增加提取,分离,纯化的步骤,增加了下游纯化处理的难度,因此在疫苗纯化阶段给纯化工作带来很大的困难；疫苗产品中牛血清白蛋白残留量要求不高于50ng/剂，为达到纯化的目的，纯化工艺不得不添加新的仪器设备；在除去牛血清白蛋白残留的同时，也会损失大量的有效目的产物，从而降低了疫苗的产率。